Osittaiskieltäytyminen tarkoittaa totaalikieltäytyjäksi ryhtymistä kesken palveluksen. Useimmat osittaiskieltäytyjät protestoivat teollaan siviilipalveluksen epäkohtia vastaan, esimerkiksi rangaistuksenomaista palvelusaikaa ja/tai siviilipalvelusjärjestelmän käytännöllisiä ongelmia.

Osittaiskieltäytyminen tehdään helpoimmin jättämällä kirjallinen kieltäytymisilmoitus palveluspaikkaan, jonka jälkeen Lapinjärven siviilipalveluskeskus tekee rikosilmoituksen.

Osittaiskieltäytyjän tuomio määräytyy samalla kaavalla kuin koko palveluksesta kieltäytyvänkin. Jos siis kieltäytyy siviilipalveluksesta suoritettuaan sitä varusmiespalveluksen peruskeston (180 vrk) verran, vapausrangaistuksen pituus on (362 vrk - 180 vrk) ÷ 2 = 91 vrk. Tuomio voidaan langettaa valvontarangaistuksena tai vankeutena. Myös kieltäytymisprosessi on samanlainen kuin koko palveluksesta kieltäytyvällä totaalilla. Luonnollisesti myöskään osittaiskieltäytyjän vankeustuomiosta ei tule merkintää rikosrekisteriin.