Siviilipalveluksen kokonaiskesto määrittää ajan, jonka asevelvollisuutta suorittava on poissa normaalielämästään ja on näin ollen ainoa objektiivinen rasitusmittari siviili- ja varusmiespalveluksen välillä. Palveluksen suorittamisen ”kokonaisrasittavuus” ja tosiasiallinen sisältö vaihtelevat palvelusmuotojen sisällä niin paljon, että muunlaiset ”rasittavuusvertailut” eri palvelusmuotojen välillä ovat mahdottomia ja tarkoitushakuisia. Varusmiespalveluksen jatkuminen yli kuuden kuukauden peruspalvelusajan perustuu useimmissa tapauksissa kyseisen varusmiehen motivaatioon ja tahtoon, joten peruspalvelusaika on ainoa järkevä lähtökohta palvelusaikojen vertailuun. Euroopan parlamentin vuonna 1994 hyväksymän kannan mukaan siviilipalveluksen ei tulisi olla lainkaan varusmiespalvelusta pidempi (nk. de Gucht -päätöslauselma).
Amnesty International on ilmoittanut, että se pitää myös vuoden 2008 alussa voimaan astunutta uutta palvelusaikaa (362 vrk) rangaistuksenluontoisena ja aikoo todeta suomalaisia totaalikieltäytyjiä mielipidevangeiksi myös jatkossa. Muut vanhaa palvelusaikaa arvostelleet tahot (YK:n ihmisoikeuskomitea, Euroopan neuvoston ihmisoikeuselimet) ottanevat kantaa uuteen palvelusaikaan tulevaisuudessa.
Siviilipalvelusmiesten kurinpitojärjestelmä on portaaton: päivärahan menetyksen ja ylityön kaltaisten kurinpitorangaistusten jälkeen seuraava askel on ehdoton vapausrangaistus. Pahimmillaan tämä on johtanut siihen, että siviilipalvelusvelvollisuuttaan esim. siviilielämän ongelmien johdosta laiminlyöneitä henkilöitä on tuomittu useiksi kuukausiksi vankeuteen. Ehdottomien vapausrangaistusten käytöstä on luovuttava tällaisissa tapauksissa.
Totaalikieltäytyjien vapausrangaistukset ovat ihmisoikeuksien kannalta kyseenalaisia ja yleinen rangaistustaso huomioon ottaen kohtuuttomia. Niistä tulee luopua tai vähintäänkin lyhentää rangaistusten kestoa.
Siviilipalveluslain mukaan siviilipalvelusmiehillä on palveluksensa aikana oikeus ilmaiseen majoitukseen, ruokailuun ja terveydenhoitoon. Näiden järjestäminen ja kustantaminen on palveluspaikkojen tehtävä. Erityisesti majoituksen osalta esiintyneiden laiminlyöntien lopettamiseksi valtio alkoi vuoden 2008 alusta korvata osan asumiskustannuksista. Korvausosuus on kuitenkin nostettava realistiselle tasolle, huomioiden yleinen asumiskustannusten taso. Siviilipalvelusmiesten oikeuksiin kohdistuvat loukkaukset on ehkäistävä myös valvontaa tehostamalla.
Palveluksensa lopettaville siviilipalvelusmiehille on maksettava kotiuttamisraha, joka turvaa noin kuukauden toimeentulon palveluksen lopettaville. Oikeutta ruokarahaan on laajennettava niin, että se koskee myös niitä loma- ja vapaapäiviä, jolloin sivari ei oleskele palveluspaikan osoittamassa majoituksessa. Kuuden ensimmäisen palveluskuukauden aikana maksettavaa päivärahaa on korotettava. Vastaavat uudistukset tulee luonnollisesti toteuttaa myös varusmiesten osalta.
Uuden siviilipalveluslain mukaan siviilipalvelusta voi suorittaa ulkomailla luvanvaraisesti kahden kuukauden mittaisen jakson. Siviilipalveluksen suorittaminen kokonaisuudessaan ulkomailla tai siviilipalveluksen korvaaminen vastaavalla ulkomaanpalveluksella esimerkiksi kehitysyhteistyötehtävissä, kulttuurivaihdon alalla tai kansalaisjärjestöjen palveluksessa on mahdollistettava.
Siviilipalveluslaki velvoittaa mm. puolustusvoimat antamaan "kutsunnanalaisille riittävät tiedot mahdollisuudesta hakeutua siviilipalvelukseen ja siviilipalveluksen sisällöstä". Käytännössä tämä ei toteudu. Kutsuntatilaisuuksissa siviilipalvelus usein vain mainitaan, aina ei sitäkään. Pahimmillaan siviilipalvelukseen hakevat ovat saaneet osakseen halventavaa kohtelua kutsuntatilaisuuksissa. Myöskään ennen kutsuntoja asevelvollisille toimitettava informaatio ei sisällä juuri lainkaan tietoa siviilipalveluksesta.